Autarchy of the Private Cave

Tools for conversion of IDs in genomics

I definitely enjoyed this high-quality book. It provides enough details to vividly imagine all the people and events, but that is not the main reason I like it. The main reason is duty (or, to be more precise, military duty, albeit highly civil-oriented). Due to high level of details, some may find this book boring – but not those who can remember all the details of what they’ve ever seen.

I would even call this a heroic novel, as heroism (together with duty, persistence and high morals) best describes the actions of Captain Honor Harrington.

I found both a PDF version here (provided by World Public Library Association), and an audio-book here, although I’m not sure those copies are legitimate (i.e. not pirate copies violating international copyright treaties). Use at your own discretion, or just buy a paperback.

This book happens to be the first in Honor Harrington series. I haven’t yet seen other books or reviews thereof, but this one is definitely worth reading on its own.

In short: sudo mkswap -L new_swap_label -U old_swap_UUID /dev/sd_swap_device.
If you don’t care about the UUID: just sudo mkswap -L new_swap_label /dev/sd_swap_device.

Step-by-step:
Read the rest of this entry »

Will be useful to anyone dealing with more than 1 piece of computer hardware: Disk failures in the real world: What does an MTTF of 1,000,000 hours mean to you?

To get the essence quickly – just scan the tables and figures, and read conclusions.

You might want to read what google engineers tell about HDD failures.

Викладену нижче власну позицію вважаю найправильнішою (і використовую з 2007 року).

Префікс мікро в українській мові є, і позначає певну кратність (10^-6) числової величини (а також просто щось маленьке) – тому його можна зберегти при перекладі першої половини складного слова microarray. Цей префікс також входить до системи одиниць СІ.

А от слова арей (як вживають деякі автори) в українській мові немає. Також немає сенсу його запозичувати, оскільки існують переклади (слова-еквіваленти). Один зі словників пропонує такі варіанти перекладу слова array українською (у різних контекстах):

• множина, набір, комплект
• розташування, решітка, сітка
• масив, список, поле, ряд
• решітка даних
• масив даних
• матриця

Я пропоную використовувати термін мікромасив (та похідний від нього мікромасив-експеримент). Цей термін має перевагу над вживаним у Російській Федерації “микрочип-экспериментом”, оскільки “мікрочіп” або просто “чіп” – це усталений термін електроніки, де він позначає кремнієвий електронний елемент з високим ступенем упаковки напівпровідників; натомість “масив” – це Ñ– набір/список [даних], и [двомірна] матриця [даних/ознак/зондів/будь-чого]. Відповідно, мікромасив – це маленька матриця або маленький набір [олігонуклеотидних/кДНК зондів]. Додатковим аргументом проти використання слова чіп вважаю його запозиченість.

Використання інших варіантів перекладу слова array або не відповідає суті об’єкту, або має неоднозначне трактування. Наприклад, мікроматриця: в молекулярній біології матриця – це ланцюг ДНК, з якого іде синтез, а в ширшому значенні – взагалі будь-яка модель, з якої виготовляють зразки. (Звичайно, слово матриця також Ñ” синонімом слова масив у значенні двомірний масив / двомірна матриця, але слово масив не має – наскільки мені відомо – альтернативних трактувань у молекулярній біології). Розглядати інші варіанти перекладу слова array не вважаю за потрібне, оскільки вони ще менш вдалі за матрицю.

Таким чином, вірним перекладом терміну microarray є слово мікромасив.

Just found a really nice, “almost interactive” TED talk about digital/real-world interfaces. The ideas aren’t new – they have been around for quite a while, as exemplified both by Sci-Fi movies and several digital implant enthusiasts – but this time it comes with a seemingly-tested implementation, which is – WOW! – both cheap and working. Moreover, here ideas are taken to a level of example applications with functional prototypes – which gives hope to have at least some of those market-ready within 5-10 years
Read the rest of this entry »

Back in the times when Windows was my OS more than 75% of the time in front of the computer, I really liked a simple photos import utility, supplied for Canon digital still image cameras. It allowed the import of all the new media items (photos and movies) from a camera into a pre-configured location in one click, and it also automatically created date-based directories for new photos. Given the removable media autoplay feature, after connecting the camera it was really a matter of one click (or one button press) to have everything copied.

Today, I decided to have a look at what the FOSS community has to match that simple and useful Canon utility. Here’s my “rating”:

1. digikam: nice and easy import; supports date-based auto-creation of albums (directories); feature-reach, suitable as a primary images-viewing application; my personal “number one” for now.
2. f-spot: easy import; has nice date-based photos browser; on import, converts photo filenames to lower case; my second choice, will have a closer look at its features.
3. gThumb: good import, but haven’t found a way to configure/create target directory during import.
4. gtkam: unusual interface; while testing, it died once unexpectedly; otherwise easy to use.
5. picasa: haven’t tried to import with a recent version, but I generally dislike the idea of using software which requires an extra layer to run (wine in this case), unless it is unique. Picasa is not unique, and thus looses (in my opinion) to digikam.

Related: list of 100 most useful open-source software tools.