Autarchy of the Private Cave

Tiny bits of bioinformatics, [web-]programming etc

    • Archives

    • Recent comments

    Archive for the 'Misc' Category

    Вірний переклад українською терміну microarray (post in Ukrainian)

    26th May 2010

    Викладену нижче власну позицію вважаю найправильнішою (і використовую з 2007 року).

    Префікс мікро в українській мові є, і позначає певну кратність (10-6) числової величини (а також просто щось маленьке) – тому його можна зберегти при перекладі першої половини складного слова microarray. Цей префікс також входить до системи одиниць СІ.

    А от слова арей (як вживають деякі автори) в українській мові немає. Також немає сенсу його запозичувати, оскільки існують переклади (слова-еквіваленти). Один зі словників пропонує такі варіанти перекладу слова array українською (у різних контекстах):

    • множина, набір, комплект
    • розташування, решітка, сітка
    • масив, список, поле, ряд
    • решітка даних
    • масив даних
    • матриця

    Я пропоную використовувати термін мікромасив (та похідний від нього мікромасив-експеримент). Цей термін має перевагу над вживаним у Російській Федерації “микрочип-экспериментом”, оскільки “мікрочіп” або просто “чіп” – це усталений термін електроніки, де він позначає кремнієвий електронний елемент з високим ступенем упаковки напівпровідників; натомість “масив” – це і набір/список [даних], и [двомірна] матриця [даних/ознак/зондів/будь-чого]. Відповідно, мікромасив – це маленька матриця або маленький набір [олігонуклеотидних/кДНК зондів]. Додатковим аргументом проти використання слова чіп вважаю його запозиченість.

    Використання інших варіантів перекладу слова array або не відповідає суті об’єкту, або має неоднозначне трактування. Наприклад, мікроматриця: в молекулярній біології матриця – це ланцюг ДНК, з якого іде синтез, а в ширшому значенні – взагалі будь-яка модель, з якої виготовляють зразки. (Звичайно, слово матриця також є синонімом слова масив у значенні двомірний масив / двомірна матриця, але слово масив не має – наскільки мені відомо – альтернативних трактувань у молекулярній біології). Розглядати інші варіанти перекладу слова array не вважаю за потрібне, оскільки вони ще менш вдалі за матрицю.

    Таким чином, вірним перекладом терміну microarray є слово мікромасив.


    Posted in Misc, Science, Ukraine | No Comments »

    Does Google attack your servers, too?

    5th December 2009


    For about 2 weeks now, I am every day alerted of the suspicious behavior of some computer/server from the Google’s IP range:
    Read the rest of this entry »


    Posted in Misc, Web | No Comments »

    Cloud-based bruteforcing, slowloris, and Golang: links

    13th November 2009

    A nice report on the cost of bruteforcing variable-length and variable-complexity passwords using cloud computing services (e.g. Amazon’s EC). There’s a kind of a tutorial in their previous post.

    Slow DoS attack with just 1 computer against a number of web servers, including Apache: slowloris. There is a solution for Apache, packaged for RedHat and also available for Debian.

    Finally, there’s Go programming language. The most inspiring promise to me personally is the ease of execution parallelization with language’s built-in syntactic constructs. That is something highly desired. Also, I like that it is a compiled language. However, it might be 10%-20% slower than pure C. Let’s see how it grows.


    Posted in Links, Misc, Programming, Security, Web | No Comments »

    Ukraine hit by influenza A/H1N1 (swine flu)

    31st October 2009

    virusStarting October, 30, there is a 3-week quarantine in all primary and higher bodies of education in Ukraine – to limit the spread of the infection.

    A total of 80k people were registered with respiratory infections (not classified by flu type). Several small samples tested for A/H1N1 (which is the cause of swine flu pandemic) indicate that 30-50% of all cases could be swine flu (with other cases being “seasonal flu” – that is, previously known influenza types and subtypes). It is reported that ~37 died since Monday, with symptoms matching those of swine flu. Most of the statistics come from the Western regions of Ukraine, which were the first to face rapid daily temperatures decrease – which could have been the trigger of massive infections.

    Today I’ve seen a number of people in Kyiv’s underground railway wearing medical face masks (or just pulling their scarfs up to cover noses). Drug stores were literally stormed for anti-virus medications, immune system stimulators, medical face masks, vitamins, etc.

    If not the virus, then panic is definitely in the air. I do not recollect seeing something like that before.


    Posted in Life, Misc, Society | No Comments »

    Google barcode day: make one for your site/blog

    7th October 2009 barcode Today Google celebrates the invention of the barcode.

    To help in this celebration, you can make a barcode with your site’s address (there is at least one more at barcodesinc, but at the moment of writing it is painfully slow).

    I find these parameters nearly optimal:

    • Type: Code 128-B
    • Styles: Draw value text
    • Size: 234×60 (half-banner size)
    • Xres: 1
    • Text font: 5
    • Value: :)

    If you wish, you can also exactly replicate today’s Google logo – which says “Google”, as you could have guessed.

    You can place this barcode on your “souvenirs” – pens, cups, t-shirts. Many phones now have barcode scanners (e.g. Nokia E71), so put this code onto your namecard.

    Read on to learn about matrix barcodes.
    Read the rest of this entry »


    Posted in Links, Misc, Software, Web | 1 Comment »

    DIYbio, biohackers, and Open Source Medicine

    25th July 2009

    DIYbio is

    an organization that aims to help make biology a worthwhile pursuit for citizen scientists, amateur biologists, and DIY biological engineers who value openness and safety.

    DIYbio also has a google group, where a wide range of questions – from bio-patents to DIY gel electrophoresis shopping list and model organisms is dicussed. There is also a DIYbio/biohacking FAQ.

    Today for me is the day of discoveries. I learned about the International Open Space Initiative (to give robotics enthusiasts a way to send their tele-controlled and/or intelligent robots to the Moon and Mars), about the DIYbio and biohackers, about OpenManufacturing (which doesn’t seem to have produced enough content to link to), Open Source Medicine (ouch!), BioBrick Assembly Kit (with an assembly manual), OpenWetWare, and a whole bunch of other awesome and inspiring community efforts, which do not belong here.

    Do you feel the wind of change?


    Posted in Links, Misc, Science, Society, Welfare | No Comments »

    DrupalCamp 2009 in Kyiv, Ukraine: August, 28-29, 2009

    23rd July 2009

    DrupalCamp Kyiv 2009 This will be the 2nd DrupalCamp in Kyiv. Please click the logo to visit the official web-site to learn more.


    Posted in Drupal, Kyiv, Misc | No Comments »